Brennpunkt Bioinformatik

«Bladeserver sind sehr kosteneffizient, ermöglichen eine kompakte Verkabelung und sind viel überschaubarer in ihrer Verwaltung», erklärt Jongeneel seinen Entscheid für diesen Hardwaretyp.

Die ausgeklügelte IT-Infrastruktur von Vital-IT ermöglicht die Unterstützung höchst rechenintensiver Anwendungen der Bioinformatik und steht den dem Joint Venture angeschlossenen Pharmaunternehmen wie auch den Universitätsspitälern bei Forschungsarbeiten zur Seite. Allesamt Nutzer, die enorme Ansprüche an In- und Output - beispielsweise beim Screening von potenziellen Wirkstoffmolekülen sowie klinischen Erprobungen neuer Medikamente - stellen.

Für die im Joint Venture engagierten IT-Firmen Hewlett-Packard (HP), Intel und Oracle bietet sich dabei die Möglichkeit, ihre Produkte in eine Life-Science-Computing-Umgebung einzubringen, die zur Welt-spitze zählt. Für die Vital-IT-Teilhaber aus dem akademischen Umfeld und den Life-Science-Industrien bedeutet Vital-IT, dass sie für ihren anspruchsvollen Anwendungsbereich jederzeit auf fortschrittlichste Hochleistungssysteme zugreifen können.

Der enorme Bedarf an Rechenleistung ergibt sich aus der Methodik der modernen Bioinformatik. Ziel der sogenannten Systembiologie ist die Simulation biologischer Systeme. Diese beginnt auf der atomaren Ebene und steigt über organische Moleküle zu ganzen Zellen und vollständigen Organismen auf. All diesen Simulationsverfahren ist gemein, dass sie extrem rechenintensiv sind.

Die Bioinformatik hat vor allem durch ihre Sequenzierung von Genen öffentliche Beachtung gefunden. Vor wenigen Jahren galt beispielsweise die Entschlüsselung des menschlichen Genoms noch als wissenschaftliche Höchstleistung. Heute sind solche Untersuchungen Routine.

Zur Simulation eines einzelnen Moleküls, beispielsweise der DNA oder eines Proteins, müssen Hunderte atomarer Bausteine anhand ihrer quantenmechanischen Eigenschaften einzeln simuliert werden. Aus der Wechselwirkung dieser atomaren Kräfte ergeben sich unter anderem die DNA-Spiralstruktur sowie die komplexe, vielfach gefaltete Bandform der Proteinmoleküle. Die erfolgreiche Simulation selbst einzelner organischer Moleküle war bis vor kurzem nur mit Supercomputern möglich.